凍干機的凍干法則基本上在0℃以下進行，即在產品凍結的狀態下進行，只在后期降低產品的殘余水份含量時，才讓產品升至0℃以上的溫度，但一般不超過40℃。凍干機在真空條件下，當水蒸汽直接升華出來后，藥物剩留在凍結時的冰架中，形成類似海綿狀疏松多孔架構，因此它干燥后體積大小幾乎不變。再次使用前，只要加入注射用水，又會立即溶解。
凍干機出現故障后一定要*查清原因，必要時請專業的公司查找排除。凍干機電機發生燒毀則其漆皮等雜質會遍布制冷系統，在檢修時要對系統進行*地清洗。凍干機對整個系統的過濾系統要進行*地檢查，必要時更換。處理不好會對壓縮機的長期運行產生不良影響，甚至可能因小失大，造成難以挽回的后果。
無論是為了使用安全或者是為了凍干機的使用壽命，我們都需要在凍干機使用過程中注意一些事項：
1、制備樣品應盡可能擴大其表面積，其中不得含有酸堿物質和揮發性有機溶劑；
2、樣品必須用凍干機*凍結成冰，如有殘留液體會造成氣化噴射；
3、注意冷阱約為零下65度，可以做低溫冰箱使用，但必須戴保溫手套操作防止凍傷；
4、啟動真空泵以前，檢查出水閥是否擰緊，充氣閥是否關閉，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物，良好密封；
5、一般情況下，該機不得連續使用超過48小時；
6、樣品在冷凍過程中，溫度逐漸降低，可以將樣品取出回暖一段時間后(仍處于冰凍狀態)，繼續干燥，以縮短干燥時間。
